Instalação do GROMACS 2026.x e CUDA 13.x¶
Testado em
Ubuntu 24.04.4 (kernel 6.17)
- GROMACS: 2026.3
- CUDA: 13.3
Ubuntu 26.04.1 (kernel 7.0)
- GROMACS: 2026.3
- CUDA: 13.4
Computador testado e pré-requisitos:¶
- Verificar minha Workstation Home.
Antes de começar, verifique se você atende aos seguintes requisitos:
- Máquina em Linux com distro Ubuntu com instalação limpa e atualizado.
- GPU série Ada Lovelace.
- Documentações CUDA 13, Drivers NVidia e GROMACS 2026.x.
Atualizar e instalar pacotes em sua máquina:
sudo apt update && sudo apt upgrade
sudo apt autoremove && sudo apt autoclean
sudo apt install \
build-essential \
libboost-all-dev \
git \
cmake \
software-properties-common \
ca-certificates \
gpg \
wget
Verifique a versão do kernel e bibliotecas:
Extra:
Para instalar o Kernel GA (General Availability):
Para instalar o Kernel HWE (Hardware Enablement):
sudo apt install --install-recommends linux-generic-hwe-24.04 # para Ubuntu 24.04
sudo apt install --install-recommends linux-generic-hwe-26.04 # para Ubuntu 26.04
Para remover kernel antigos incompatíveis:
Para compilar o CMake atual, utilize o repositório oficial do Kitware:
Algumas configurações podem ajudar em sistemas dual boot:
# Instalar codecs, fontes e outros softwares
sudo apt install ubuntu-restricted-extras
# Conflitos de horários entre Windows e Ubuntu para casos de dualboot
timedatectl set-local-rtc 1 --adjust-system-clock
# Acesso ao disco NTFS do Windows
sudo apt install ntfs-3g
Instalando Timeshif¶
Software para criar snapshots do sistema e restaurar em caso de falhas. Para instalar:
Extra:
Se desejar, instale o GRUB CUSTOMIZER para gerenciar o inicializador e MAINLINE para gerenciar o kernel instalado.
Instalando CUDA 13.x¶
Verifique a compatibilidade da GPU antes. Para CUDA 12 ou superior, requer arquitetura Maxwell ou superior.
Remova todos os driver relacionados que tiver instalado:
sudo apt remove --purge "*cuda*" "*cublas*" "*cufft*" "*cufile*" "*curand*" "*cusolver*" "*cusparse*" "*gds-tools*" "*npp*" "*nvjpeg*" "nsight*" "*nvvm*" "*nvidia*"
sudo apt autoremove --purge
Instale os pre-requisitos para CUDA:
sudo apt update
sudo apt install "linux-headers-$(uname -r)" "linux-modules-extra-$(uname -r)"
sudo apt install \
gcc \
build-essential \
ca-certificates \
dkms \
wget
Adicionar o repositório oficial NVIDIA CUDA:
cd ~/Downloads
wget https://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/repos/ubuntu2604/x86_64/cuda-keyring_1.1-1_all.deb
sudo dpkg -i cuda-keyring_1.1-1_all.deb
sudo apt update
sudo apt install cuda-toolkit nvidia-open # nvidia-drivers
Para configurar o compilador NVCC, edite o ~/.bashrc e adicione as linhas abaixo:
export CUDA_HOME=/usr/local/cuda
export LD_LIBRARY_PATH=$CUDA_HOME/lib64:$LD_LIBRARY_PATH
export PATH=$CUDA_HOME/bin:$PATH
source ~/.bashrc
reboot
Para verificar a instalação, utilize:
Dica:
Para remover, utilize:
Para compilar o CUDA 13.x no Ubuntu 24.04, siga os mesmos passos do Ubuntu 26.04, mas utilize o repositório oficial NVIDIA CUDA para Ubuntu 24.04:
Instalando LACT¶
O aplicativo LACT é utilizado para controlar e realizar overclocking em GPU AMD, Intel e Nvidia em sistemas GNU/Linux.
Atenção!
Faça o download do pacote LACT de acordo com a distribuição do Linux.
Dica:
Para remover versões anteriores, utilize sudo dpkg -r lact.
Instalando Hardware Sensors Indicator¶
O aplicativo HSI é utilizado para monitorar a temperatura de CPU, GPU, Motherboard, etc. Recomenda-se a instalação pela Central de Aplicativos Snap e configurar para inicialização automatica com monitoramento da CPU (Tctl).
Instalação do GROMACS 2026.x¶
LIBTORCH É possível instalar a biblioteca libtorch para utilizar Redes Neurais.
mkdir -p ~/software
cd ~/software
wget https://download.pytorch.org/libtorch/cu130/libtorch-shared-with-deps-2.10.0%2Bcu130.zip
unzip libtorch-shared-with-deps-2.10.0+cu130.zip
Para instalar bibliotecas auxiliares para o GROMACS:
sudo apt install \
grace \
hwloc \
libhwloc-dev \
libhdf5-dev \
hdf5-tools \
libhdf5-openmpi-dev \
libopenblas-dev \
liblapack-dev \
libblas-dev \
openmpi-bin \
libopenmpi-dev \
gfortran \
libfftw3-dev \
imagemagick \
libpng-dev \
libjpeg-dev \
libtiff-dev \
libxml2-dev \
libtinyxml2-dev \
libzstd-dev \
zlib1g-dev \
pkg-config
PLUMED 2.x Para instalar a biblioteca Plumed:
cd ~/Downloads
wget https://github.com/plumed/plumed2/releases/download/v2.10.1/plumed-src-2.10.1.tgz
tar -xzf plumed-src-2.10.1.tgz
cd plumed-2.10.1
./configure --prefix=$HOME/software/plumed --enable-mpi --enable-modules=all CXX=mpicxx CC=mpicc FC=mpifort
make -j$(nproc)
make install
plumed info --version
Compatibilidade
Confira na documentação oficial do Plumed a compatibilidade de patch com o GROMACS 2026.x.
Atualize no .bashrc:
export PATH="$HOME/software/plumed/bin:$PATH"
export LD_LIBRARY_PATH="$HOME/software/plumed/lib:$LD_LIBRARY_PATH"
export PLUMED_KERNEL="$HOME/software/plumed/lib/libplumedKernel.so"
CP2K 2026.x Para instalar a biblioteca CP2K (QM/MM):
Dica:
Se necessário, para corrigir problemas com OpenGL utilize export HWLOC_COMPONENTS=-gl.
Compatibilidade
Para usar GROMACS + CP2K para QM/MM, é necessário o uso em comum das bibliotecas fftw3 e openblas.
sudo apt install libopenblas0-openmp libopenblas-openmp-dev
sudo update-alternatives --config libopenblas.so.0-x86_64-linux-gnu
sudo update-alternatives --config libblas.so.3-x86_64-linux-gnu
sudo update-alternatives --config liblapack.so.3-x86_64-linux-gnu
# e os grupos de desenvolvimento, se existirem:
sudo update-alternatives --config libopenblas.so-x86_64-linux-gnu
sudo update-alternatives --config libblas.so-x86_64-linux-gnu
sudo update-alternatives --config liblapack.so-x86_64-linux-gnu
sudo ldconfig
cd ~/Downloads
wget https://github.com/cp2k/cp2k/releases/download/v2026.2/cp2k-2026.2.tar.bz2
tar -xjf cp2k-2026.2.tar.bz2
cd ~/Downloads/cp2k-2026.2/tools/toolchain
./install_cp2k_toolchain.sh \
-j$(nproc) \
--with-openblas=system \
--with-fftw=system \
--with-openmpi=system \
--with-scalapack=install \
--with-elpa=install \
--with-cosma=install \
--with-libxsmm=install \
--with-libxc=install \
--with-libint=install \
--with-plumed=install \
--with-gsl=install \
--with-libvdwxc=no \
--with-spglib=no \
--with-hdf5=no \
--with-spfft=no \
--with-libvori=no \
--with-sirius=no \
--enable-cuda=no
./build_cp2k.sh -j$(nproc) --prefix ~/software/cp2k-2026.2/install
source $HOME/software/cp2k-2026.2/install/cp2k_env # configurar no .bashrc
source ~/.bashrc
which cp2k.psmp
cp2k.psmp --version
Dica:
Para instalar o Openblas com o CP2K, utilize --with-openblas=install e descubra o diretório de instalação do Openblas com find ~/software/cp2k-2026.2/install -name "libopenblas.so". Utilize o diretório para configurar o GROMACS com -DGMX_BLAS_USER=/path/to/openblas/lib/libopenblas.so e -DGMX_LAPACK_USER=/path/to/openblas/lib/libopenblas.so.
Agora, instale o GROMACS 2026.x com suporte a CUDA e CP2K:
cd ~/Downloads
wget ftp://ftp.gromacs.org/gromacs/gromacs-2026.3.tar.gz
tar -xvf gromacs-2026.3.tar.gz && cd gromacs-2026.3
mkdir -p build && cd build
cmake .. \
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=$HOME/software/gromacs-2026.3-qmmm \
-DCMAKE_PREFIX_PATH="/usr;/usr/local/cuda" \
-DBUILD_SHARED_LIBS=OFF \
-DGMX_MPI=ON \
-DGMX_GPU=CUDA \
-DCUDAToolkit_ROOT=/usr/local/cuda \
-DGMX_FFT_LIBRARY=fftw3 \
-DFFTWF_LIBRARY=/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3f.so \
-DFFTWF_INCLUDE_DIR=/usr/include \
-DGMX_BLAS_USER=/usr/lib/x86_64-linux-gnu/openblas-openmp/libopenblas.so \
-DGMX_LAPACK_USER=/usr/lib/x86_64-linux-gnu/openblas-openmp/libopenblas.so \
-DGMX_CP2K=ON \
-DCP2K_DIR=$HOME/software/cp2k-2026.2/install/lib \
-DGMX_DEFAULT_SUFFIX=OFF \
-DGMX_SIMD=AVX2_256 \
-DGMX_HWLOC=ON \
-DGMX_USE_COLVARS=INTERNAL \
-DGMX_USE_PLUMED=ON \
-DGMXAPI=OFF \
-DGMX_INSTALL_NBLIB_API=OFF \
-DMPI_C_COMPILER=$(which mpicc) \
-DMPI_CXX_COMPILER=$(which mpicxx) \
-DMPI_Fortran_COMPILER=$(which mpif90) \
-DGMX_USE_HDF5=ON \
-DGMX_EXTERNAL_TINYXML2=ON \
-DGMX_EXTERNAL_ZLIB=ON
cd ~/Downloads
wget ftp://ftp.gromacs.org/gromacs/gromacs-2026.3.tar.gz
tar -xvf gromacs-2026.3.tar.gz && cd gromacs-2026.3
mkdir -p build && cd build
cmake .. \
-DCMAKE_BUILD_TYPE=Release \
-DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON \
-DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON \
-DGMX_OPENMP=ON \
-DGMX_THREAD_MPI=ON \
-DCMAKE_C_FLAGS="-O3 -march=native -mtune=native" \
-DCMAKE_CXX_FLAGS="-O3 -march=native -mtune=native" \
-DGMX_GPU=CUDA \
-DGMX_GPU_FFT_LIBRARY=cuFFT \
-DCUDAToolkit_ROOT=/usr/local/cuda \
-DCUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR=/usr/local/cuda \
-DCMAKE_CUDA_ARCHITECTURES=native \
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=$HOME/software/gromacs-2026.3 \
-DGMX_HWLOC=ON \
-DGMX_USE_HDF5=ON \
-DGMX_USE_PLUMED=ON \
-DGMX_USE_COLVARS=INTERNAL \
-DGMX_NNPOT=TORCH \
-DGMX_EXTERNAL_TINYXML2=ON \
-DGMX_EXTERNAL_ZLIB=ON \
-DCMAKE_PREFIX_PATH="$HOME/software/libtorch;/usr/local/cuda"
Instalação do OpenMM 8.x¶
Atenção!
Certifique-se de ter o Miniconda instalado.
conda create --name openmm
conda activate openmm
conda install -c conda-forge openmm openmmforcefields pdbfixer openmm-setup flask openmmtools pymbar
python -m openmm.testInstallation
Dica:
Para atualizar utilize conda update --all e para listar os pacotes instalados conda list.
Para remover o ambiente conda criado conda env remove --name openmm e para listar todas os ambientes utilize conda env list.
Instalando VMD¶
O VMD permite visualizar moléculas e realizar análises. Para instalação:
cd ~/software
wget https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/alpha/vmd-2.0.1a1.bin.LINUXAMD64.tar.gz
tar xvzf vmd-2.0.1a1.bin.LINUXAMD64.tar.gz
cd vmd-2.0.1a1
Dica:
Verifique o arquivo configure.options para configurar o VMD de acordo com sua máquina.
No arquivo configure, altere $install_bin_dir e $install_lib_dir para o diretório de instalação desejado. Por exemplo, para instalar em $HOME/software/vmd
Instalando o Julia¶
O Julia é uma linguagem de programação voltada para cálculos científicos, similar ao Python. Para instalar:
Para atualizar, utilize no terminal juliaup update. Para remover utilize juliaup self uninstall.
Leitura complementar¶
Como citar¶
FAUSTINO, P. A. S. Documentação sobre Química Biofísica Computacional. [S. l.]: Zenodo, 2026. DOI 10.5281/zenodo.22729510. Disponível em: https://doi.org/10.5281/zenodo.22729510.