Documentação sobre Química Biofísica Computacional¶

Tutoriais e workflows práticos de simulação de dinâmica molecular de biomoléculas, voltados a quem está começando: alunos de iniciação científica e de pós-graduação.

Por onde começar¶

Se você nunca instalou o GROMACS na sua máquina, comece pela seção Instalação, escolhendo o guia de acordo com sua GPU:

• GROMACS + CUDA — GPUs NVIDIA
• GROMACS + ROCm — GPUs AMD
• gridUNESP — cluster HPC via contêiner Apptainer

Com o GROMACS instalado, siga para Dinâmica molecular e rode sua primeira simulação do início ao fim, com a DM básica.

Acompanhamento do doutorado¶

Este site também é um diário das etapas do meu doutorado. Acompanhe o progresso na seção Doutorado, começando pelo Pipeline e ajustes.

Sobre este material¶

Este site é mantido por Prof. Me. Patrick Allan dos Santos Faustino — veja mais em Sobre, incluindo como citar este material.